目前食品加工车间常用的杀菌措施主要以紫外线杀菌灯和臭氧发生器两种，紫外线杀菌灯是利用紫外光谱的高能量破坏微生物的结构，具有强烈的杀菌作用，从而达到消毒杀菌的目的。臭氧是一种广谱、高效、快速、安全、无二次污染的杀菌气体，可杀灭细菌芽孢、病毒、真菌等，并可破坏肉杆菌毒素。
在食品洁净车间中臭氧系统可以通过直接通过管道中央控制送入所需的净化车间，同时也可以内置入空调系统，通过空调送风管送入，也有移动式的局部空间杀菌，实现方式多样。
食品车间空气中使用臭氧参考浓度：
食品车间：浓度（ppm）1.0~1.5，每立方米每小时臭氧量：2.5~3.5，使用方法建议在每天下班后停产开机送Q气体；
冷库区域：浓度（ppm）6~10，每立方米每小时臭氧量：15~25，根据冷库容量和污染程度连续开机，主要杀灭霉菌；使用浓度为6～12PPm的臭氧连续3～4小时消毒，可以将包括抵抗力极强的未萌动孢子杀死。停机后封库24小时以上，细菌杀灭率达90%左右，霉菌杀灭率可达80%左右。在食品保鲜中应用臭氧可以起到杀菌防霉与减缓新陈代谢的作用，同冷藏、空调、包装协同使用，更能提高食品的保鲜效果。
纯净水、天然水（山泉水、矿泉水、地下水等经过过滤等工序制成），已普遍采用臭氧消毒。在自来水臭氧净化应用时，常规标准为0.4mg/L的容解度保持4分钟，即CT值为1.6；
注意事项：
1、上班前两小时不建议使用臭氧杀菌。臭氧能参与生物体中的不饱和脂肪酸、氨基及其他蛋白质反应，使长时间直接接触高浓度臭氧的人出现疲乏、咳嗽、胸闷胸痛、皮肤起皱、恶心头痛、脉搏加速、记忆力衰退、视力下降等症状。
2、使用臭氧机杀菌时，严禁工作人员在浓度较高的臭氧环境中上班和工作。
3、发生臭氧泄漏的情况需要第一时间关闭臭氧发生器，并开启通风设备进行通风处理后，即时退出臭氧发生器使用空间，等空间残余臭氧降至安全范围再进入。
食品加工车间的霉菌污染最为致命，影响食品安全，也给企业带来负面影响和经济损失。清洁作业区之外，在非净化区、准净化区，也应配置臭氧机等消毒设备。另外，在更衣柜等储藏设施内部，也要配置杀菌消毒设备，定期开启、消毒。
