洁净车间的清扫一般须在生产工艺结束后进行；如有必要在生产前清扫，则工艺生产必须在净化空调系统开机运行时间达到洁净要求后方可开始进行。
为防止交叉污染，清扫洁净厂房设施均应按产品特点、工序要求、洁净度等级不同分别专用。
洁净室的清扫工具一般采用集中固定式或便携移动式真空清扫设备，以确保在定期清扫时能去除微粒污染；也能有效地、适时地清除某些不适合在洁净室外进行工作所带来的污染。
当设置集中固定式真空清扫系统时，其排风机应安装在洁净室外；洁净室内的连接插座在不使用时应严密封盖，以免危及洁净室内的压差或气流形式。当设置便携式真空清扫设备时，应配置有排风过滤器，其过滤效率应至少与所在洁净环境的等级相同；还应注意在使用时对洁净室内气流的影响。
若洁净室不具备上述清扫条件时，也可采用不掉纤维的材料如丝光毛巾、尼龙布等进行擦拭，一般每天1次或数次。对于高级别的洁净室，擦拭用水应使用过滤后的水；有特殊要求的场所，也可采用符合要求的有机溶剂进行擦拭。当洁净室内产品生产工艺要求不能进行擦拭时，应采用真空清扫设备进行清扫。
一般对于小面积的洁净室宜采用移动式真空清扫机，而大面积或高级别的洁净室宜采用集中或真空吸尘系统。集中或真空吸尘系统的设置要求如下：
1、吸尘装置宜布置在靠近负荷的中心，并要考虑隔声隔振措施。
2、洁净室内吸尘口位置和数量，要根据软管作用半径(一般为6—12m)确定，使洁净室内各处都得到清扫。
3、集尘器要设置在真空泵的吸入端，集尘器可采用布袋除尘器等。
4、吸尘系统的管道材料要选用耐磨、气密性好、有一定强度的材质，如无缝钢管或硬塑料管。管道弯头的曲率半径为管道直径的4～6倍，三通夹角一般为30°，最大不超过45°。水平管道要有一定的坡度，坡向立管或集尘器。
不同级别、不同用途的洁净室，其清扫的次数和清扫方法都会有所不同，为防止在洁净室内微粒子的沉积，在洁净室工作前或工作后必须进行清扫。洁净室的净化空调系统每年应清扫1~2次，并宜委托专门清扫人员进行，所使用的清洁剂清扫程序应事先商定。
清扫频率：工作台及工器具清扫一般每天一次；10～1000级厂房墙壁、地面清扫，一般每周一次，1万～10万级每月一次。净化空调系统每年宜清洗1～2次，并委托专门清扫人员进行。
洁净室空间消毒一般通过紫外灯消毒或臭氧消毒。臭氧消毒常用手提式臭氧发生器消毒或内置式臭氧发生器消毒。整个被消毒灭菌的洁净室应通过送回风管形成循环状态，每天开机做空气灭菌1—1.5小时；若需对洁净室墙体、地面和设备等表面进行消毒灭菌则需2小时左右。
